Здравствуйте, Наталья! Купола черного цвета это скорее всего медные пластины, покрытые паташом (это технический термин, я, к сожалению, не помню его химический состав). Вообще более привычные купола это золотые или окрашенные в какие-то нетемные цвета (зеленый, голубой чаще всего). Как правило цвет куполов не обусловлен какими-то догматическими обоснованиями, а зависит от художественного вкуса строителей храма. С уважением, о. Аркадий.