Григорий , добрый день!
Канон и акафист - это разные литературные жанры гимнографии. Они отличаются друг от друга принципами построения текста и расположения смыслового ряда. Что Вам больше понятнее и ближе, то и читайте. Канон - это часть утреннего Богослужения, а акафист обычно читают на молебне.
С уважением, отец Аркадий.